Comme nous l’avons évoqué dans l’introduction, Charles Darwin a été le premier naturaliste à développer une analyse approfondie d’un Système Complexe Adaptatif (SCA) qui est celui de l’évolution d’un écosystème. L’idée même de l’évolution d’un système, via des processus d’adaptation n’était pas en soi complètement neuve, mais très controversée néanmoins. La notice historique que Darwin a ajouté à son ouvrage De l’origine des espèces résume bien la question centrale qui se posait à son époque, à propos des espèces vivantes :
Dans la suite d’Aristote, de Buffon et de Lamarck, Darwin va se ranger dans le second groupe.
En effet, le naturaliste français Jean-Baptiste Lamarck publie en 1809, son ouvrage
Philosophie zoologique qui cherche à établir le premier et de manière systématique que "la doctrine que toutes les espèces, l’homme compris, descendent d’autres espèces. Le premier, il rendit à la science l’éminent service de déclarer que tout changement dans le monde organique, aussi bien que dans le monde inorganique, est le résultat d’une loi, et non d’une intervention miraculeuse." (Darwin, 1859, p.9). Le mécanisme que Lamarck va mettre en avant est basé sur l’usage et le non usage des caractéristiques morphologiques et donc, sur l’habitude. Le cou de la girafe s’allonge pour pouvoir brouter les feuilles des branches hautes. Cette évolution progressive possède une direction (dans le sens d’un perfectionnement) et elle procède sous la poussée d’une
force vitale. Darwin (comme la quasi-totalité des théories de l’évolution qui ont suivi la sienne) va rejeter ces mécanismes de base de la théorie Lamarckienne. La vision darwinienne laisse plus de degrés de liberté aux mécanismes de l’évolution et elle est plus utile pour comprendre les dynamiques ouvertes qui caractérisent les SCA. La vision Lamarckienne fera néanmoins souvent l’objet des controverses dans les sciences sociales, car le transfert des caractères acquis semble plus facile à accepter comme hypothèse au sujet des dynamiques sociales
[Ege, 1993].